Analysis of SARS-CoV-2 genomes of samples from Peru

English Title

Análisis De Genomas De SARS-CoV-2 En Muestras De Perú

Authors

Johnny Leandro Saavedra-Camacho, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Nacional Pedro Ruiz Gallo, Lambayeque-PerúFollow
Sebastian Iglesias-Osores
Miguel Alcántara-Mimbela
Lizbeth M. Córdova-Rojas

Keywords

Coronavirus Infections, Genome Viral, Whole Genome Sequencing, Mutation, Peru

English Keywords

Infecciones por Coronavirus, Genoma Viral, Secuenciación Completa del Genoma, Mutación, Perú

Abstract

Introduction: Genomic analysis of samples from documented COVID-19 cases can be used successfully to help track sources of Sars-Cov-2 infection, which can be quarantined to prevent the recurrent spread of the disease around the world. Objective: To describe the SARS-CoV-2 sequences isolated from Peruvian patients. Methods: All genomes published up to March 2021, uploaded in the GISAID and Nextstrain repository, were selected. All data is on the web in a public way; In addition, the information was filtered by continent, country, region, clade, lineage, and sex from March 2020 to February 2021. Results: It was evidenced that the region with the most isolated genomes was Lima, the most frequent clade is GR, the viral lineage B.1.1 is the most frequent and persistent in time and most of the genomes were isolated from people of the female sex.Conclusions: The clade GR is common to all South American countries and the European and Asian continents, followed by clades G and GH with greater frequency; on the other hand, the most persistent viral lineage in Peru is B.1.1, this being not common with other countries.

English Abstract

Introducción: El análisis genómico de muestras de casos documentados de COVID-19 puede usarse con éxito para ayudar a rastrear fuentes de infección por Sars-Cov-2, que pueden ponerse en cuarentena para prevenir la propagación recurrente de la enfermedad en todo el mundo. Objetivo: Describir las secuencias de SARS-CoV-2 aisladas de pacientes peruanos. Métodos: Se seleccionaron todos los genomas publicados hasta marzo del 2021, subidos en el repositorio de GISAID y Nextstrain. Todos los datos están en la web de manera pública; además se filtró la información por continente, país, región, clado, linaje y sexo desde marzo de 2020 hasta febrero de 2021. Resultados: Se evidenció que la región con la mayoría de los genomas aislados fue Lima, el clado más frecuente es el GR, el linaje viral B.1.1 es el más frecuente y persistente en tiempo y la mayor parte de genomas fueron aislados de personas del sexo femenino. Conclusiones: El clado GR es común para todos los países sudamericanos y los continentes europeos y asiáticos, seguido de los clados G y GH con mayor frecuencia; por otro lado, el linaje viral más persistente en Perú es el B.1.1, siendo este dato no común con otros países.

DOI

https://doi.org/10.25176/RFMH.v21i3.3712

Recommended Citation

Saavedra-Camacho, Johnny Leandro; Iglesias-Osores, Sebastian; Alcántara-Mimbela, Miguel; and Córdova-Rojas, Lizbeth M. (2021) "Analysis of SARS-CoV-2 genomes of samples from Peru," Revista de la Facultad de Medicina Humana: Vol. 21: Iss. 3, Article 3.
DOI: https://doi.org/10.25176/RFMH.v21i3.3712
Available at: https://inicib.urp.edu.pe/rfmh/vol21/iss3/3